医院大楼设计为一座双翼式九层高的建筑，并在地面下层及地库层安排装配先进技术的电脑扫描设备和临床化验室等设施。机电系统是由科进(WSP)担任机电顾问公司负责设计。
香港是一个讲求快速效率的地方，而港怡医院的总体建造计划也是朝此香港精神和目标进行，科进中国区建筑机电总监陈国璋先生忆述说：「本医院项目与其它常规医疗发展项目的建设周期不同，过往一般性的医疗发展项目平均需时三到四年；而本医院项目，整个项目的总体施工合约在2014年11月签定，于2016年11月已获发入伙纸，并于2017年3月开幕，项目可在两年多预计的工期内完成。而公司在2013年5月份才被委聘加入参与港怡医院的设计团队开始工作，有关机电系统设计须在整个设计周期只有一年半的时间完成，结果不负众望，整个项目可在预计的工期之内完成。」
科进中国区建筑机电技术总监徐国辉先生补充说：「为达到方便日间病人进出医院及可提供净空较高的空间供大型医疗设备安装的双重成果，安排将所有电脑层析(CT)扫描器、正电子层析(PET)扫描器、放射治疗直线加速器及其他医疗设备均设置于地面下层及地库层内。」。徐先生更表示为配合医院的未来发展，已在适当位置预留安装空间，以方便医院于日后增设更多高科技仪器及设备时，不会影响医院的日常运作。
环保节能和可持续发展设计是现今建筑设计不能缺少的，而港怡医院对有关设计要求亦不违余力，在医院的南翼屋顶进行绿化，一方面可减少能耗而另一方面又可提供绿化环境。同样地，系统设计中采用水对水热泵机组，利用空调冷冻水系统回水侧产生热能，供医院的生活热水预热及房间供暖，以收节能之效。而部份于晚间非开放使用的区域，会将该等范围内的空调室温调高至26 oC以减低耗电量。此外，与其它常规不同的是医院的手术室安排在二楼，利用中央核心式无菌净化空调系统，可同时有效地调节及控制七间手术室内的无菌净化环境。还有，各房间之间的气压设定均经过精密设计以达卫生署所指定的标准要求。
